该故事的舞台设定在系列作品的原点——先代《苍天之青玉》活跃的年代。经过艰辛的最终决战得以生还的人类，封印以前众多的高科技技术，并将世界的命运委托给身为主人的王侯贵族及其命脉相连，拥有超常能力的少女“乙HiME”。数度的战乱虽然令王侯和“乙HiME”相继失去性命，却也将决定性的破灭送往了彼岸。 在大陆横断铁道上，14岁的少女西芙尔被秘密团体修巴鲁茨捉住后准备移送到某个地方去，但她却被神秘的青年布鲁斯和乙姬合力救了出来。故事就此展开。少女西芙尔虽然拥有乙HiME的力量却也抗拒它，加尔迪罗贝学园的谜、五柱的背叛……在故事的精彩发展下，进而解开了“舞-乙HiME”的谜。